Ο πρώτος Κυβερνήτης της ανεξάρτητης Ελλάδας ήταν ο Ιωάννης Καποδίστριας. Η εκλογή του έγινε από την Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας το 1827, ενώ έφτασε στην Ελλάδα, και συγκεκριμένα στο Ναύπλιο, τον Ιανουάριο του 1828. Ο Καποδίστριας, μια εξέχουσα πολιτική φυσιογνωμία με μεγάλη εμπειρία στη διπλωματία ως πρώην Υπουργός Εξωτερικών της Ρωσίας, ανέλαβε ένα κράτος σε χαοτική κατάσταση μετά την Ελληνική Επανάσταση.
Οι προκλήσεις που αντιμετώπισε ήταν τεράστιες: η χώρα ήταν κατεστραμμένη, χωρίς σταθερή διοίκηση, με εμφύλιες διαμάχες, πειρατεία και οικονομική αδυναμία. Ο Καποδίστριας εργάστηκε άοκνα για την οργάνωση του νέου κράτους. Ίδρυσε τακτικό στρατό, δημιούργησε το πρώτο εθνικό νόμισμα (τον φοίνικα), οργάνωσε τη δικαιοσύνη, ίδρυσε σχολεία και προσπάθησε να αναπτύξει τη γεωργία. Επίσης, καθιέρωσε ένα σύστημα τοπικής αυτοδιοίκησης και προσπάθησε να θέσει τις βάσεις για ένα σύγχρονο κράτος δικαίου.
Παρά τις σημαντικές μεταρρυθμίσεις και την προσπάθειά του να επιβάλει τάξη και σταθερότητα, ο Καποδίστριας αντιμετώπισε ισχυρές αντιδράσεις από παραδοσιακές φατρίες και τοπικούς οπλαρχηγούς που έβλεπαν να απειλούνται τα συμφέροντά τους. Η αυταρχική, κατά πολλούς, διακυβέρνησή του, σε μια προσπάθεια να επιβάλει την τάξη και να προχωρήσει στις απαραίτητες μεταρρυθμίσεις, οδήγησε σε εντάσεις και τελικά στη δολοφονία του στο Ναύπλιο το 1831. Η θητεία του, αν και σύντομη, ήταν καθοριστική για την πορεία του ελληνικού κράτους.
