Οι Σταυροφορίες, αν και αρχικά είχαν ως στόχο την απελευθέρωση των Αγίων Τόπων, είχαν καταστροφικές και μακροπρόθεσμες συνέπειες για τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία, επιταχύνοντας την παρακμή της.
Πρώτον, προκάλεσαν σημαντική πολιτική και εδαφική αποδυνάμωση. Η πιο ολέθρια στιγμή ήταν η Δ' Σταυροφορία (1204), κατά την οποία οι Σταυροφόροι, αντί να κατευθυνθούν στους Αγίους Τόπους, λεηλάτησαν και κατέλαβαν την Κωνσταντινούπολη. Αυτό οδήγησε στην ίδρυση της Λατινικής Αυτοκρατορίας και διαφόρων φραγκικών κρατών σε βυζαντινά εδάφη. Παρόλο που η Κωνσταντινούπολη ανακαταλήφθηκε το 1261, η Αυτοκρατορία ήταν πλέον ένα κατακερματισμένο και εξασθενημένο κράτος, μια σκιά του παλαιού της μεγαλείου.
Δεύτερον, επέφεραν οικονομική κατάρρευση και στρατιωτική εξάντληση. Η λεηλασία της Κωνσταντινούπολης προκάλεσε ανυπολόγιστες καταστροφές και απώλεια πλούτου. Οι εμπορικοί δρόμοι διαταράχθηκαν, και η οικονομική ισχύς του Βυζαντίου υπονομεύτηκε σοβαρά, με τους Βενετούς και τους Γενουάτες να αποκτούν κυρίαρχο ρόλο στο βυζαντινό εμπόριο. Οι συνεχείς συγκρούσεις με τους Σταυροφόρους εξάντλησαν τους στρατιωτικούς πόρους και το ανθρώπινο δυναμικό της Αυτοκρατορίας, καθιστώντας την ευάλωτη σε άλλους εχθρούς, όπως οι Οθωμανοί Τούρκοι.
Τρίτον, βάθυναν το θρησκευτικό σχίσμα και την πολιτιστική αποξένωση μεταξύ Ανατολής και Δύσης. Η βαρβαρότητα των Σταυροφόρων, ειδικά κατά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, δημιούργησε ένα αίσθημα βαθιάς δυσπιστίας και μίσους που επηρέασε τις σχέσεις των δύο κόσμων για αιώνες. Η προσπάθεια επιβολής λατινικών δογμάτων και πρακτικών από τους κατακτητές ενίσχυσε την αντίσταση και την αίσθηση της ξεχωριστής ταυτότητας των Ορθοδόξων.
Συνολικά, οι Σταυροφορίες, αντί να προσφέρουν βοήθεια, λειτούργησαν ως καταλυτικός παράγοντας για την παρακμή και την τελική πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, αφήνοντας πίσω τους ένα κράτος ανεπανόρθωτα τραυματισμένο.