Τόσο το φυτικό όσο και το ζωικό κύτταρο ανήκουν στα ευκαρυωτικά κύτταρα, πράγμα που σημαίνει ότι διαθέτουν πυρήνα και οργανίδια με μεμβράνη. Ωστόσο, έχουν σημαντικές δομικές και λειτουργικές διαφορές που αντικατοπτρίζουν τις διαφορετικές ανάγκες των οργανισμών στους οποίους ανήκουν.
Η πιο εμφανής διαφορά είναι η παρουσία του <b>κυτταρικού τοιχώματος</b> στα φυτικά κύτταρα. Αυτό το άκαμπτο εξωτερικό στρώμα, που βρίσκεται έξω από την κυτταρική μεμβράνη, παρέχει στήριξη, προστασία και διατηρεί το σχήμα του φυτικού κυττάρου. Τα ζωικά κύτταρα δεν διαθέτουν κυτταρικό τοίχωμα, γεγονός που τους επιτρέπει να έχουν πιο εύκαμπτο και συχνά ακανόνιστο σχήμα.
Μια άλλη κρίσιμη διαφορά είναι η ύπαρξη των <b>χλωροπλαστών</b> στα φυτικά κύτταρα. Οι χλωροπλάστες είναι τα οργανίδια όπου λαμβάνει χώρα η φωτοσύνθεση, η διαδικασία με την οποία τα φυτά παράγουν τη δική τους τροφή χρησιμοποιώντας ηλιακή ενέργεια. Τα ζωικά κύτταρα, μη έχοντας χλωροπλάστες, είναι ετερότροφα και πρέπει να προσλαμβάνουν τροφή από το περιβάλλον τους.
Επιπλέον, τα φυτικά κύτταρα διαθέτουν συνήθως έναν μεγάλο, <b>κεντρικό χυμοτόπιο</b> (ή κενοτόπιο) που μπορεί να καταλαμβάνει έως και το 90% του όγκου του κυττάρου. Αυτός ο χυμοτόπιος αποθηκεύει νερό, θρεπτικά συστατικά και απόβλητα, ενώ συμβάλλει στη διατήρηση της σπαργής του κυττάρου. Τα ζωικά κύτταρα μπορεί να έχουν πολλούς μικρούς χυμοτόπιους ή καθόλου.
Τέλος, τα ζωικά κύτταρα περιέχουν <b>κεντρόλια</b>, δομές που παίζουν ρόλο στην κυτταρική διαίρεση και στο σχηματισμό μαστιγίων και βλεφαρίδων. Τα φυτικά κύτταρα δεν διαθέτουν κεντρόλια, αλλά έχουν διαφορετικούς μηχανισμούς για την οργάνωση του κυτταρικού σκελετού κατά τη διαίρεση. Κοινά οργανίδια και στα δύο κύτταρα είναι ο πυρήνας, τα μιτοχόνδρια, το ενδοπλασματικό δίκτυο και το σύμπλεγμα Golgi.
